Mevlânâ Hâlid-i Bağdâdî hazretleri, o gece yatsıdan sonra çoluk-çocuğunu yanlarına çağırdılar. Onlara hitâben; "Hepinize hakkımı helâl ettim. Birbirinizden ayrılmayınız. Vefâtınıza kadar bu evde kalınız." buyurdular. Abdest alıp bir mikdâr namaz kıldıktan sonra; "Şu anda tâuna tutuldum." buyurdular. Mübârek yüzleri sarardı. Sabahleyin de çoluk-çocuğuna dönerek tekrar; "Bundan sonra beni meşgûl edip benden bir şey istemeyiniz. Bir şey isterseniz vekîlimden isteyiniz. Beni Hak´la meşgûl olmaktan alıkoymayınız. Hiçbir kimse ile sohbet etmek istemiyorum. Rabbim ile meşgûlüm. Yanımda hiç kimse bulunmasın." Göz uçları ile kıbleye yönelip sağ yanı üzere yatarak, murâkabe ve Allahü teâlânın kudretini tefekkürle meşgûl olmaya başladı. Hastalığının şiddetinden; "Ah! vah!" gibi sesler aslâ duyulmayıp, her azâsından, hattâ mübârek saçlarından Hakk´ın zikrinin belirtileri görülüyordu. H.1242 senesi Şevvâl ayının yirmi altıncı günü müezzin ezân okumağa başladığında, Mevlânâ Hâlid hazretleri Fecr sûresinin son âyetlerini okudu. Meâlen; "(Sonra Allah mümin kimselere şöyle buyurur): "Ey (îmânda sebât gösteren Allah´ı anmakta huzûra kavuşan) mutmainne olan nefs, dön rabbine (Cennet´le sana hazırladığı nîmetlere) sen O´ndan (sana verdiklerinden ötürü) râzı, O da senden (îmânın sebebiyle) râzı olarak. Haydi gir (sâlih) kullarımın içine. Gir Cennet´ime." Bu âyet-i kerîmeleri okuyup bitirdikten sonra, mübârek rûhları Cennet-i âlâya uçtu ve Allahü teâlâya kavuştu.

Kapısında bulunan âbidler, talebeleri, sevdikleri, vefâtlarını işitince, müteessir olarak kendilerinden geçtiler. Talebelerinden İsmâil Efendi, oradakilere; "Evliyânın vefâtı, bir evden öteki eve gidişi gibidir." hadîs-i şerifini naklederek, nasîhatte bulundu. Talebelerinin önde gelenlerinden İsmâil Efendi, Muhammed Nâsih, Ahmed Efendi, Ahmed Mekkî Efendi, Muhammed Sâlih Efendi ve Şeyh Abdülkâdir Efendi berâberce Mevlânâ Hâlid hazretlerinin vefât ettiği odasına girdiler. Onu sâf ve temiz, ebedî istirahata çekilmiş bir şekilde görünce, mübârek ayaklarından öpüp göz yaşı döktüler. Daha sonra Şeyh İsmâil Efendi; "Kendimi, öldükten sonra dirileceğimiz yer olan haşr meydanında sanmıştım. Mevlânâ Hâlid Efendimizin yüzleri, gözleri kamaştıracak derecede nûrluydu. Her hâli ile nûr saçışları, velîliğine işâret ediyordu." dedi. Şeyh İsmâil sözlerine devamla; "Elini öptüğüm zaman, mübârek terlerinin misk gibi koktuğuna şâhid oldum. Böyle hoş koku şimdiye kadar koklamış değildim. O güzel kokuyu yüzüme ve gözüme sürmeye başlamıştım. Cân ve gönlüm, şeker lezzeti bularak hayat buldu." diyerek o günkü hâllerini anlattı.

Bir gün Mevlânâ Hâlid-i Bağdâdî hazretleri, Şeyh İsmâil Gazzî´ye buyurdular ki: "Bütün kitaplarımı vakfettim." O esnâda içeriye Şeyh Muhammed Nâsih Efendi girdi ve; "Efendim Seyyid Hüseyin Efendi ve berâberinde bâzı âlim zâtlar, size tâziyeye geldiler." dedi. Daha sonra onları karşılayıp, oturmalarına müsâade ettiler. Oğlu Abdurrahmân için tâziyelerini kabûl etti. Ziyâretçiler gidince, Şeyh İsmâil Efendi de izin alıp ayrılmak istedi. Mevlânâ hazretleri: "Bugün burada kalınız." buyurdu. Sonra da; "İnsanların; "Mevlânâ Hâlid kerâmet izhar ediyor." demelerinden korkmasaydım, bütün arkadaş ve dostlarımla vedâlaşırdım. Bu Cumâ gecesi gideceğimizi zannediyorum." buyurdu. Daha sonra kendisine yemek getirildiğinde; "Bu ve bundan başka yemeklerden yiyemeyeceğim, ölümü isteyen hem de yemek yiyen hiç bir kimse gördünüz mü?" buyurdu. Uzun bir müddet dünyâ yemeklerinden yemedi. Sonra; "Dünyâ yemeklerine doymuş olduğum hâlde, Rabbime kavuşmayı arzu etmem." diyerek, evlâdı ile şakalaşan bir baba gibi, ayaklarını evin içinde yere vurdu. Bundan önce böyle bir hâl kendilerinden görülmemişti. Sonra kitapların bulunduğu yere gitti. Emânet aldığı kitapları sâhiplerine göndermeye başladı. Çoluk-çocuğuna teker teker nasîhat ve vasiyet ederek vedâlaştıktan sonra; "Biz bu Cumâ gidiyoruz." buyurdu. Sonra mescide vardı. İkindi namazını kıldıktan sonra, medresenin olduğu tarafa yöneldi. Kapısına geldiklerinde, sevdiklerinden İsmâil Gazzî´yi yanına çağırıp iltifât etti. Kütüphânesinin önünde oturdu. Önceki vasiyetini ve nasîhatı tekrar etti. Çoluk-çocuğuma hoş nazarla bakınız. Seçtiğim vasîm Şeyh İsmâil Enârenî´dir. Benden sonra irşâd vazifesinde bulunacak seçtiğim talebemdir. Bu husûsu hiç kimse hatırından çıkarmasın." buyurup, İsmâil Gazzî´ye: "Bana kalemi ver, vakıf şartlarını yazayım." buyurdu ve mübârek ellerine kalem alıp; "Bu kitapları Allah için vakfettim. Vakfımın şartları şunlardır." diyerek şartlarını yazdı. Sonunda da; "Bu yazılan şartlarla vakfettiğim kitaplarımın küçük bir tânesini de olsa değiştiren, noksanlaştıran kimseler üzerine; Allah´ın, meleklerinin ve bütün insanların lâneti yağsın." buyurdular. O esnâda talebelerinden olan Hanefî mezhebi fıkıh âlimlerinin büyüklerinden Seyyid Muhammed Emîn ibni Âbidîn içeri girdi ve bâzı sorular sordu. Mevlânâ Hâlid hazretleri, her soruya cevap verdikten sonra da, hangi kitaplarda olduğunu söyledi ve bu arada; "Şu kitabı getirin." buyurdu. O kitaptaki delîllerini de gösterdi. O zaman İbn-i Âbidîn hazretleri; "Efendim! Dün gece rüyâmda hazret-i Osman´ın vefât etmiş olduğunu gördüm. Çok büyük bir kalabalık oldu. Cenâze namazını ben kıldırdım." diyerek rüyâsını anlattı. Mevlânâ Hâlid hazretleri de; "Ey İbn-i Abidîn! Yakında ben vefât ederim. Sen de kalabalık bir cemâat ile cenâze namazımızı kıldırırsın, çünkü ben, hazret-i Osman´ın evlâdındanım." buyurdu. İbn-i Âbidîn bunu duyunca çok üzüldü ve rüyâsını anlattığına çok pişmân oldu.

Irak´ta yaşayan büyük velîlerden Mimşâd ed-Dîneverî (rahmetullahi teâlâ aleyh) hazretlerinin vefâtı yaklaştığında ona; "Hastalıktan ne çekiyorsun?" dediklerinde; "Benden ne çektiğini, gidin de hastalığa sorun." dedi. "Gönlünü nasıl buluyorsun?" diye sorduklarında; "Gönlümü kaybedeli otuz sene oldu, onu tekrar ele geçirmek istedim ama bulamadım. Bu süre içinde gönlümü bulamayınca, bütün sıddîkların gönüllerini kaybettikleri şu hâl içinde, ben onu nasıl bulacağım?" dedi ve rûhunu teslim etti.